Die Gründung des Unternehmens geschah durch den Lehrer Mikkel Bjergsø und den Journalisten Kristian Klarup Keller 2006 in Kopenhagen. Die beiden Hobbybrauer waren so begeistert vom selbst gebrauten
Craft Beer, dass auch andere in den Genuss kommen sollten. Als Inspiration dienten moderne US-amerikanische Brauereien mit ihrer
Sorten- und Geschmacksvielfalt. Nachdem sie verschiedene Bierrezepte nachgebraut hatten, gingen die Beiden dazu über, eigene Rezepte zu kreieren.
Mit ihren Bieren gewannen die Firmengründer mehrere
Heimbrauwettbewerbe in Dänemark. Mit dem Produkt Beer Geek Breakfast konnten sich Bjergsø und Keller Ende 2006 bei einem internationalen Bierforum in der Kategorie
Stout gegen die Konkurrenz behaupten. Acht Biersorten der Marke Mikkeller waren auf dem nationalen Bierfestival 2006 erhältlich. Die steigende Nachfrage nach dem Bier erforderte es, nicht mehr in der eigenen Küche, sondern in Kleinbrauereien zu produzieren.
Anfang 2007 entschied sich Keller dazu, das Unternehmen zu verlassen und als Redakteur zu arbeiten. Im Gegensatz zu Bjergsø war er nicht an einer ständigen Erweiterung und Abänderung der Produktpalette interessiert. Im Laufe der Jahre gelang es dem verbliebenen Firmengründer, das Team zu vergrößern. Für die Produktion konnten zuverlässige Brauereien in Belgien, Dänemark, Norwegen, Großbritannien und in den USA gewonnen werden.
2013 wurden nicht nur zwei Mikkeller-Bars in Kopenhagen, sondern auch eine in San Francisco eröffnet. Die "on-the-fly"-Bierzapfanlagen in der letztgenannten Bar ermöglichen ein präzises Mischen von Bier, Kohlenstoff und Stickstoff. Zudem sind die verschiedenen Trinktemperaturen problemlos einzuhalten. Es folgten Brauereieröffnungen 2016 im kalifornischen San Diego und 2017 in New York City.
Die beiden Bars in Kopenhagen und die in San Francisco existieren heute noch. Eine der Kopenhagener Bars ist zugleich ein Bottle Shop, in dem Flaschenbiere von Mikkeller und anderen Marken angeboten werden. Die Produktion erfolgt vornehmlich in der belgischen Brauerei Brouwerij de Proef. Mikkel Bjergsø gilt aufgrund seines Erfindungsreichtums über die Grenzen Dänemarks hinaus als „Gypsy“- oder „Kult“-Brauer.
Pro Jahr kommt das Unternehmen auf etwa 17.000 Hektoliter Bier. Einige Produkte sind als Flaschenbiere, andere als Dosenbiere in rund 40 Länder erhältlich – in Ladengeschäften und online. Da nicht nach Deutschland versendet wird, können deutsche Kunden das Bier über Partnershops wie Beyond Beer oder Craftbeer-Shop erhalten.