Ein großer Stadtbrand auf der heutigen Kaiserstraße in Rosenheim zerstörte die Brauerei des 1542 erstmals erwähnten Besitzers Johann Huber. Ein Jahr später erteilte Herzog Wilhelm IV. an gleicher Stelle ein Lehen für eine Brauerei, die im Gegenzug fünf Gulden Steuern zahlte.
Von 1611 bis 1705 besaßen Erhard Westermayer und Simon Wältl den Betrieb. Als der Betrieb 1710 unter der Leitung von Wältls Witwe Konkurs anmelden musste, erwarb Georg Fletzinger, Namenspatron der Brauerei, das gesamte Anwesen.
Das erstmals 1861 eröffnete Herbstfest mit landwirtschaftlicher Leistungsschau brachten der Brauerei gute Einnahmen. König Ludwig II. verlieh Rosenheim 1864 die Stadtrechte. In diesem Jahr kaufte Johann Krichbaumer, Urgroßvater von Franz Steegmüller II, die Brauerei. Rosenheim stieg um 1890 zur Bierstadt auf: Auf 10.090 Einwohner kamen elf Brauereien. Johann Krichbaumer übergab 1899 das Unternehmen seinem Sohn Joseph, einem begnadeten Braumeister und Visionär.
Dieser baute 1910 ein neues Brauhaus am Rossacker und erwarb die Brauereien Stockhammer und Welcker. Ab 1934 führten Franz Steegmüller I. und Ehefrau Maria, geborene Krichbaumer, die Flötzinger Brauerei sehr erfolgreich und vertrauten 1960 Franz Steegmüller II. ihr florierendes Unternehmen an. Mit großem Stolz feierte die Familie 2008 das 465-jährige Bestehen.
Das Jahr 2012 bringt Höhen und Tiefen: Das Bundesministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz ehrt das Lebenswerk der oberbayerischen Brauer-Dynastie mit dem Bundes-Ehrenpreis, sechs Wochen nachdem Franz Steegmüller III. plötzlich verstarb. Seine Mutter Martha führte das Unternehmen, bis Tochter Maria Theresia Steegmüller 2015 die Geschäftleitung übernahm.