Schon 1294 kamen Augustinermönche nach München, um dort bis 1320 ihr Kloster zu bauen. Aufzeichnungen nach war die Klosterbrauerei 1411 nachweislich in Betrieb, wohingegen die Firma heute ihr Gründungsjahr auf das Jahr 1328 datiert. So oder so ist sie bis heute die älteste noch aktive Brauerei der bayerischen Landeshauptstadt. Zeitgleich gilt die Augustiner-Bräu Wagner KG als das überhaupt älteste Handelsgewerbe von München.
Die Säkularisation entzog den Mönchen die Braurechte 1803. Sie wanderten 1829 von den Fischern Gröber und Lankes zum Ehepaar Wagner und sind seither im Familienbesitz. Das bayrische Brauhaus zog unter Leitung des Erben Josef Wagner vom Augustinerkloster Mitte des 19. Jahrhunderts in seine Geschäftsadresse in der Landsberger Straße. Seine Initialen sind bis heute im Firmenlogo verewigt.
Heute wird die Brauerei mit 50 % über die Edith-Haberland-Wagner-Stiftung geleitet. Während in den 1990er-Jahren die Brauerei als konservativ galt, wandelte sich ihr Traditionsbewusstsein mit den Jahren zu einem eigenen Stil, der sie heute ausmacht.
Sie blieben einfach, wie sie schon immer waren, taten, was sie immer taten. Etwa mit dem Ausschenken des Festbiers in Holzfässern und dem Abfüllen der Brauereierzeugnisse in dicke Euro-Flaschen anstelle der schlankeren, langhalsigen NRW-Flaschen. Vor Ort lassen sich die Augustiner-Biere in zahlreichen, deutschlandweit angesiedelten Gasthäusern genießen, von denen der traditionelle Augustiner-Keller aus dem 19. Jahrhundert in München-Maxvorstadt die beliebteste Lokalität mit Biergarten ist.